Mengambil tempat setelah kisah utama, Future Gospel mengeksplor dua arc epik: Möbius Ring, di mana Mikiya bertemu wanita bernama Shizune Seo yang dapat meramal masa depan, mengubah arah hidupnya; dan Möbius Link, berlatar sepuluh tahun kemudian saat Mana Ryougi—putri Shiki dan Mikiya—menjalani kehidupan sederhana yang justru menyimpan kunci untuk menyatukan masa lalu dan masa depan yang rumit.